বিভিন্ন সময় পেনড্রাইভ ব্যবহারে কম্পিউটারে ভাইরাস ছড়ায়। সাধারণত পেনড্রাইভ কম্পিউটারের সঙ্গে সংযোগ দেওয়ার সঙ্গে সঙ্গে অটোরান হয়, ফলে পেনড্রাইভে কোনো ভাইরাস থাকলে, সেটি সহজেই কম্পিউটারে ছড়িয়ে পড়ে। অটোরান বন্ধ রেখে এ সমস্যা থেকে মুক্ত থাকা সম্ভব। অটোরান বন্ধ করতে Start/Run-এ গিয়ে gpedit.msc লিখে গ্রুপ পলিসি এডিটর খুলুন। এবার উইন্ডোজ এক্সপির ব্যবহারকারীরা Computer Configuration/ Administrative Templates/System-এ যান এবং ভিসতা ব্যবহারকারীরা Computer Configuration/Windows Components/AutoPlay Policies খুলুন। এখন Turn Off AutoPlay নির্বাচিত করুন এবং সব ড্রাইভের অটোরান বন্ধ করতে All drives নির্বাচন করে Enabled করুন। এ ছাড়া উইন্ডোজের যেকোনো সংস্করণে অটোরান বন্ধ করার জন্য Start/Run-এ গিয়ে regedit লিখুন এবং HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer ঠিকানায় যান এবং NoDriveTypeAutoRun অপশনে খুলে hexadecimal ভ্যালু হিসেবে FF লিখে দিন।